A kórház ötven éves története során nagy utat  tett meg a Heine-Medin Utókezelő Kórházi minősítés és a Szakosított Gyermekkórház Rendelőintézet tartalom között. Az 1950-es években ismételten előforduló Heine-Medin (gyermekparalízis) járványok nagy számban szedték áldozataikat, és eredményeztek olyan tartósan mozgássérült, illetve tartós lélegeztetési nehézségben szenvedő betegeket, akiknek az utógondozását meg kellett oldani. Itt kezdődik a kórház története. 

1956 novemberének első napjaiban Nagy Imre akkori miniszterelnök adta ki a személyes utasítást a Rózsadombon lévő elhagyott, kiürített, az ÁVH tulajdonában lévő épületek átminősítésére Heine-Medin Utókezelő Kórház néven. Lakóépületek lévén az épületeket át kellett alakítani kórház minőségre. Az intézet vezetésével Dr. Lukács Lászlót bízták meg. A munka 226 ágyon kezdődött meg. Az intézmény döntően gyógytornán és lélegeztetésen alapuló, valamint orthopédiai műtéti kezeléseket végzett.

A 60-as évek elején a Salk majd Sabin oltások rendszeressé válásával a poliomyelitis járványszerű megjelenése megszűnt, és az utógondozó-utókezelő munka kitűnő eredményű volt, az itt lévő betegek száma fokozatosan csökkent. Ez is lehetővé tette, hogy 1964. július elsejétől a Heine-Medin Utókezelő Kórház átminősüljön szakosított gyermekkórházzá Budai Területi Gyermekkórház néven.

Az új kórház 242 ággyal kezdte meg működését. A három gyermekgyógyászati osztályon kívül 50 ágyas orthopédiával, 24 ágyas gyermek gégészettel, valamint a Heine-Medin Utókezelő Kórház igényeiből maradva 42 úgynevezett légzésrehabilitációs ággyal rendelkezett. A feladat tehát egy új struktúra felépítése, új szakemberek munkába állítása és a szakosított gyermekkórházi igényeknek megfelelő szakmai tevékenység megindítása volt. Ebben a munkában Dr. Cziglány Flóris igazgató élenjáró volt, majd az ő halálát követően az igazgatói széket Dr. Vig Gyula vette át, az ő váratlan halálát követően pedig Prof. Dr. Péter Ferenc vezette az intézetet húsz éven át.

A kórház első tíz éves működése során megteremtődött a gyermekellátáshoz a struktúra, ennek első lépése volt egy 1974-ben megalapított húsz ágyas neurózis (pszichiátriai) osztály kialakulása a neurotikus, magatartáskárosodott gyermekek kivizsgálására és kezelésére. Ugyanekkor a gyermekosztályokon a területi igények általános ellátásán túl speciális szakmai profilok alakultak ki. 1980-ra gyakorlatilag a teljes gyermekgyógyászati szubspecialitás paletta reprezentálva volt a kórházban. 1977-től az intézmény Budai Gyermekkórház-Rendelőintézet néven működött.

A nyolcvanas évek közepétől a kórház kapta meg a feladatot az újszülöttkori veleszületett anyagcsere és hypothyreosis szűrés megszervezésére és végzésére. Ez annyit jelent, hogy ez idő óta minden Magyarországon megszületett újszülöttől öt napos korában vérvétel történik, amit itt vizsgálnak.

A működés racionalizálásához elengedhetetlen volt a Budapest II. kerületében földrajzilag elszórtan működő hét épület funkcióinak tömörítése egy központi telephelyre. 1998 nyarán a manuális szakmáknak (Orthopédia, Fül-Orr-Gégészet) helyet adó „B” épület és a járóbeteg-ellátást tömörítő „A” épület között felépült újonnan kialakított pavilonban nyert elhelyezést többek között a 45 ágyas Csecsemő- és Gyermekosztály (benne 8 ágyas sürgősségi betegellátó részleg), a Központi Laboratórium, a PKU-szűrő központ, valamint könyvtár, és informatika.

A Budai Gyermekkórház több mint ötven éves működése alatt közel száz gyermek-szakorvost képzett. Oktató kórházként részt vesz a medikusok oktatásában, a ráépített szakorvosi szakképzésben, illetve az orvos-továbbképzésben. A Budai Gyermekkórház és Rendelőintézet 2005. október 1-jétől közhasznú társaságként működött az integrációig.