2007-ben döntés született a három fővárosi kórház összevonásáról, a Budai Gyermekkórházat, a Szent Margit Kórházat és a Szent János Kórházat érintve. Az egyesített kórház új neve Fővárosi Önkormányzat Szent János Kórháza és Észak-budai Egyesített Kórházai lett.

2012. január 1-től a kórház állami tulajdonba, a Nemzeti Erőforrás Minisztériumhoz  került. Ezen belül a fenntartói feladatot a Gyógyszerészeti és Egészségügyi Minőség- és Szervezetfejlesztési Intézetet (GYEMSZI) látja el, míg a vagyonkezelő a Nemzeti Fejlesztési Minisztérium alá tartozó Magyar Nemzeti Vagyonkezelő Zrt. A kórház elnevezése: Szent János Kórház és Észak-budai Egyesített Kórházak.