A laboratórium a Szent János Kórház Főépületének (1-es sz. épület) két szintjén helyezkedik el. A magasföldszinten kapott helyett a Járóbeteg Szakrendelés, valamint az Általános Laboratóriumi Részleg, az alagsori részen találhatók a Mikrobiológiai Részleg helyiségei.
A Járóbeteg Szakrendelésen történik az ellátási területről, valamint a János Kórház szakrendeléseiről mintavételre beutalt betegek fogadása, illetve számukra az elkészült laboratóriumi leletek kiadása.
Az Általános Laboratóriumi Részlegen fogadja a laboratórium a Szent János Kórház osztályairól, valamint az ellátási területről beérkező rutin és sürgősségi mintákat, ezek vizsgálatra előkészítése, az általános laboratóriumi vizsgálatok elvégzése, a speciális vizsgálatokra küldött minták szortírozása és továbbítása képezi ennek a részlegnek a fő feladatait. Vizsgálattípusok szerint csoportosítva, ezen a részlegen történik meg a klinikai kémiai, immunkémiai, hematológiai, valamint a hemosztázis, kromatográfiás, vizeletdiagnosztikai és egyéb manuális laboratóriumi vizsgálatok elvégzése. A részleg a XXI. század elvárásainak megfelelő, csúcstechnológiát képviselő, nagy teljesítményű automatákkal van felszerelve, melyek minőségi kompromisszumok nélkül képesek a gyors eredményszolgáltatást biztosítani.
A Mikrobiológiai Részlegen elsősorban klinikai vegyes anyag feldolgozása, aerob és anaerob bakteriális-, valamint gombadiagnosztika jelenti a fő vizsgálati profilt. A részlegen több korszerű automata segíti a diagnosztikus munkát.
A rutin vizsgálatok végzésén túl, a laboratórium 24 órás sürgősségi szolgáltatást nyújt.
Az elkészült leletek kiadása nyomtatott formában és on line történik (utóbbi a Szent János Kórház osztályai felé), azonban meghatározott feltételek teljesülése esetén lehetőség van külső beküldők (háziorvosok) felé is elektronikus adattovábbításra.
Az egyes részlegek működésének magas színvonalát és összehangolt működését a kiválóan képzett személyi állomány (szakorvosok, biológusok, mikrobiológus, analitikus, szakasszisztensek, asszisztensek) biztosítja, akik nélkül a szakmai elvárásoknak való folyamatos megfelelés, a laboratóriumi szolgáltatás magas minőségi szinten történő megvalósítása nem lenne elképzelhető.